Łączenie ulg ze zwolnieniem w ramach PSI i SSE
Przepisy podatkowe otwierają przed przedsiębiorcami możliwości korzystania z szerokiego spektrum ulg w zakresie podatków dochodowych. Złożoność współczesnych modeli biznesowych sprawia, że coraz częściej spotykamy sytuacje, w których działalność badawczo-rozwojowa prowadzi do powstania prototypu, a kolejne etapy inwestycji realizowane są już w ramach nowego projektu objętego decyzją o wsparciu („DoW”). W takich okolicznościach pojawia się chęć równoległego wykorzystania różnych preferencji – zarówno ulg, jak i zwolnienia wynikającego z DoW. Nieprawidłowe rozliczenie poszczególnych kosztów może jednak skutkować ich podwójnym uwzględnieniem, co prowadzi do niepożądanego zaniżenia podstawy opodatkowania. Na co uważać, by uniknąć takiej sytuacji?
Zwolnienie podatkowe w ramach DoW i SSE a korzystanie z ulg
Decyzja o wsparciu i zezwolenie na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej pozwalają na zwolnienie od podatku dochodu osiągniętego dzięki realizacji objętej nimi inwestycji. Podmioty prowadzące działalność na podstawie DoW / zezwolenia nadal mają możliwość skorzystania np. z ulgi B+R czy ulgi na prototyp, jednak z pewnymi ograniczeniami.
Regulacje poszczególnych ulg zawierają mechanizmy, które zapobiegają „podwójnemu” uwzględnianiu kosztów:
- ulga B+R – art. 18d ust. 6,
- ulga na prototyp – art. 18ae ust. 10,
- ulga na robotyzację – art. 38eb ust. 8 ustawy CIT.
Zgodnie z tymi przepisami, jeśli podatnik korzysta w danym roku podatkowym ze zwolnienia na podstawie DoW / zezwolenia, to może odliczyć koszty w ramach ulgi podatkowej tylko wtedy, gdy tych samych kosztów nie uwzględnił już przy obliczaniu dochodu zwolnionego z podatku na podstawie DoW / zezwolenia.
Oznacza to, że przedsiębiorca posiadający DoW / zezwolenie może korzystać np. z ulgi B+R, o ile koszty kwalifikowane B+R nie „wchodzą” do kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie DoW / zezwolenia.
W sytuacji, gdy podatnik ponosi wydatki na działalność B+R, które nie są przez niego uwzględniane przy obliczaniu dochodu zwolnionego, to jego prawo do odliczenia poniesionych wydatków w ramach ulgi B+R pozostaje niezmienione.
Ulgi podatkowe w okresie realizacji inwestycji objętej DoW
Według obecnego brzmienia przepisów dla zwolnienia CIT decydującym momentem dla podatników realizujących nowe inwestycje jest miesiąc, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji wskazany w DoW, ponieważ dopiero wtedy mogą korzystać ze zwolnienia.
Przyjmuje się, że przed tym terminem podatnik prowadzi działalność na zasadach ogólnych. Z tego powodu nie ma przeszkód, żeby w okresie realizacji inwestycji korzystać z ulg.
To stanowisko jest potwierdzane przez organy podatkowe. Ich zdaniem dochody uzyskane przed miesiącem, w którym upływa termin zakończenia inwestycji określony w DoW, nie korzystają ze zwolnienia. Podlegają więc opodatkowaniu na zasadach ogólnych i nie są objęte ograniczeniem dotyczącym nieuwzględniania w podstawie opodatkowania dochodów wolnych od podatku.
W konsekwencji przedsiębiorca może dokonać odliczenia od podstawy opodatkowania (w ramach ulgi B+R) wszelkich kosztów kwalifikowanych ulgi B+R, które zostaną zaliczone do kosztów uzyskania przychodów alokowanych do dochodu opodatkowanego, w szczególności poniesionych w okresie, gdy nie korzysta ze zwolnienia podatkowego DoW[1].
Ulga B+R a wyczerpanie limitu pomocy publicznej
Z drugiej strony istnieją poglądy, że nie można odliczyć w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych, które zostaną uwzględnione w kalkulacji dochodu osiągniętego z działalności prowadzonej na terenie DoW, który nie zostanie zwolniony z podatku z powodu wyczerpania limitu pomocy publicznej.
Chodzi tutaj o sytuacje, gdy rezultat działalności B+R jest wykorzystywany do działalności określonej w DoW i z tego powodu koszty kwalifikowane w ramach ulgi B+R są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego.
W świetle tej interpretacji, jeżeli podatnik nie może zwolnić całego dochodu wskutek przekroczenia limitu pomocy (jedynie część dochodu może być zwolniona), to nie może obniżyć podatku do zapłaty poprzez skorzystanie z ulgi B+R[2].
Działalność zwolniona a opodatkowana
Inną możliwością jest sytuacja, gdy podatnik posiadający DoW / zezwolenie korzysta z ulgi B+R tylko w zakresie kosztów kwalifikowanych B+R, które są ponoszone w zakresie działalności opodatkowanej, prowadzonej równolegle do działalności zwolnionej.
Takie podejście przyjmują również organy podatkowe. Wskazują, że przedsiębiorca będzie uprawniony do odliczenia od podstawy opodatkowania (w ramach ulgi B+R) wszelkich kosztów kwalifikowanych ulgi B+R, które zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów alokowanych do dochodu opodatkowanego. Dotyczy to wydatków poniesionych w obszarze, w którym spółka nie korzysta ze zwolnienia na podstawie DoW, czyli w zakresie działalności, z której dochody podlegają opodatkowaniu na zasadach ogólnych[3].
Bezpieczne rozliczenie ulg podatkowych przy DoW i SSE
Chociaż ustawodawca dopuścił korzystanie z ulg przez podatników posiadających DoW / zezwolenie, to każdy przypadek skorzystania z obu preferencji wymaga dokładnej analizy i odpowiedniej alokacji kosztów.
Kluczowe jest rozróżnienie, które koszty mogą być odliczone w ramach ulgi, a które zostały już uwzględnione przy kalkulacji dochodu zwolnionego. Właściwa ewidencja kosztów i rzetelność dokumentacji pozwalają na bezpieczne wykorzystanie dostępnych preferencji, jednocześnie minimalizując ryzyko zakwestionowania rozliczeń przez organy podatkowe.
Jeśli potrzebują Państwo wsparcia w ocenie możliwości łączenia ulg podatkowych ze zwolnieniem w ramach PSI/SSE, prawidłowej alokacji kosztów lub przygotowaniu bezpiecznego modelu rozliczeń – zapraszamy do kontaktu. Pomożemy przeanalizować sytuację i dobrać rozwiązanie dopasowane do Państwa działalności.
[1] Pismo DKIS z 27 marca 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.127.2025.1.AN
[2] Pismo DKIS z 27 kwietnia 2020 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.38.2020.1.PC
[3] Pismo DKIS z 2 lutego 2026 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.818.2025.1.PC
