NSA: kolejna restrukturyzacja spółki może podlegać opodatkowaniu
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że Polska mogła ograniczyć neutralność podatkową kolejnych restrukturyzacji. Wyrok może mieć znaczenie dla spółek planujących podział, połączenie lub wymianę udziałów.
Czego dotyczyła sprawa?
Spór dotyczył podziału przez wydzielenie spółki z o.o. (spółka dzielona) do trzech innych spółek (spółki przejmujące). W wyniku podziału, udziały w spółkach przejmujących miał otrzymać jedyny wspólnik spółki dzielonej (podatnik).
Co istotne dla sprawy, podatnik nabył udziały w spółce dzielonej w drodze wymiany udziałów. W związku z tym, zdaniem organu podatkowego[1], otrzymanie udziałów w spółkach przejmujących będzie opodatkowane na podstawie wprowadzonych Polskim Ładem przepisów, ograniczających neutralność podatkową restrukturyzacji tylko do pierwszej transakcji.
Niekorzystne stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego
WSA w Krakowie uwzględnił skargę podatnika na interpretację Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Uznał, że omawiane przepisy są niezgodne z prawem unijnym i nie mogą zostać zastosowane w sprawie[2]. W efekcie otrzymanie przez podatnika udziałów w spółkach przejmujących powinno być bez podatku. W podobny sposób orzekały także inne sądy wojewódzkie – np. WSA w Gliwicach[3] czy we Wrocławiu[4].
Linie tę przełamał w środę 9 września Naczelny Sąd Administracyjny[5]. Sąd zgodził się z DKIS, że Polska miała prawo wprowadzić przepisy ograniczające neutralność podatkową. W jego ocenie mieszczą się one w upoważnieniu z art. 8 ust. 6 dyrektywy mergerowej[6].
Dla Podatnika oznacza to konieczność rozpoznania przychodu w wysokości wartości rynkowej otrzymanych udziałów.
Co wyrok NSA oznacza w praktyce i dlaczego jest ważny?
Orzeczenie to ma szczególne znaczenie dla każdego, kto planuje restrukturyzację (podział, połączenie lub wymianę udziałów w spółce). Jest ważnym sygnałem, że przed restrukturyzacją warto przeanalizować historię nabycia udziałów.
Warto też pamiętać, że omawiany problem nie będzie dotyczyć połączeń bezemisyjnych.
Co powie TSUE?
Na marginesie warto zwrócić uwagę, że przed Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej toczy się sprawa o stwierdzenie zgodności omawianych przepisów z prawem unijnym[7]. Sprawa trafiła do TSUE w lipcu 2025 r. – tym samym w najbliższych miesiącach można spodziewać się wyroku.
Jeśli będzie on korzystny dla podatników będą oni mogli m.in.
- złożyć wniosek o wznowienie postępowania (jeśli w ich sprawie zapadło prawomocne, niekorzystne rozstrzygnięcie),
- ubiegać się o zwrot nadpłaconego podatku (jeśli podatnik – mimo zastrzeżeń co do ważności polskich przepisów – zapłacił podatek).
w szczególności, jeśli reorganizacja miała charakter transgraniczny (dyrektywa mergerowa odnosi się wprost do transakcji między dwoma krajami unijnymi), niemniej – wykładnia TSUE powinna wiązać także w razie reorganizacji czysto krajowych.
[1] Interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 29.07.2022 r., 0111-KDIB1-1.4010.288.2022.1.ŚS
[2] wyrok WSA w Krakowie z dnia 25.09.2025 r., I SA/Kr 547/25
[3] wyrok WSA w Gliwicach z dnia 28.04.2023 r., I SA/Gl 14/23 oraz z dnia 25.08.2026 r., I SA/Gl 1347/25
[4] wyrok WSA we Wrocławiu z dnia 20.12.2023 r., I SA/Wr 811/22 oraz z dnia 28.01.2026 r., I SA/Wr 685/26
[5] Wyrok NSA z dnia 9.09.2026 r., II FSK 74/26
[6] Dyrektywa Rady 2009/133/WE z dnia 19 października 2009 r. w sprawie wspólnego systemu opodatkowania mającego zastosowanie w przypadku łączenia, podziałów, podziałów przez wydzielenie, wnoszenia aktywów i wymiany udziałów dotyczących spółek różnych państw członkowskich oraz przeniesienia statutowej siedziby SE lub SCE z jednego państwa członkowskiego do innego państwa członkowskiego (Dz.Urz.UE.L.2019.310.34)
[7] C-434/25
